各类生物软件汇总.docx
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各类生物软件汇总.docx
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各类生物软件汇总
三维分子类
RASMOL2.7.2.1观看生物分子3D微观立体结构的软件。
非常有名,巨棒!
RasTop2.03为RasMol2.7.1的图形用户界面软件
CHIME2.6SP5直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol2k.2将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件。
CrystInfo1.0用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。
PDViewerPDB格式文件的查看程序。
DSViewerPro5.0trail3维分子浏览工具。
ICMLite2.83维分子浏览工具,有一些其他软件没有的功能。
VMD1.823维分子浏览工具,可以进行动态显示。
CN3D4.13D分子结构观察软件。
WPDB2.2PDB文件检索显示分析软件。
DTMM4.1Demo3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol2.32显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray3.6b3生成三维图像工具软件。
WinMegaPov1.03D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV2.0.8将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol5.2.1Demo分子文件格式转换软件。
PovChem2.1.1将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3forWindows1.076生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON1.07通用结晶学软件工具。
Mage6.35读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin6.35将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer3.7sp5PDB文件显示与分析软件。
DINAMO蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
PCMolecule2Lite查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEdDemo化学分子编辑与三维模型生成软件。
JMVC4PreAlpha0.1使用JAVA技术编写的三维分子查看器。
Re_View1.0读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。
OscailX用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。
MoilinX分子构建与观察软件。
Tinker4.1与Moilin配套的DOS下的分子设计建模软件。
Biodesigner0.75免费的分子建模与显示软件。
MoluCADDemo02年11月版全功能的分子建模与显示工具软件。
ViewerActivexControl5.0三维分子显示控件。
ACD/3DViewerforISIS4.5免费的ISISDraw三维显示插件。
Amira3.1Demo高等三维显示建模系统。
PyMOL0.95免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。
Qmol3.01基于OpenGL的三维分子显示软件。
ProteinExplorer2.3AlphaRASMOL衍生出的软件。
WinMGM2.0b分子图像程序。
Chimera1.1872免费的交互式分子模型显示程序;和
Jmolv9java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序;
RamachandranPlotExplorer0.65蛋白分子显示软件;
YASARAView4.4.28免费分子显示软件
ProteinScopeLE1.0.1免费PDB蛋白三维显示软件
DNA分析
DNAuser1.0DNA序列处理软件。
JaMBW1.1分子生物学软件包。
DNATool6.0.122功能很全面的DNA序列分析工具包。
pDRAW1.1.60DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。
ANNHYB4b22用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件。
ABIView1.0ABI格式文件显示与编辑软件。
Chromas2.23ABI格式文件显示与编辑软件。
DNAssist2.0DNA序列分析工具。
DNAProbe核苷酸序列设计工具。
DnaSP3.53基因多态性分析软件。
DFW2.21DNA分析软件。
ArtemisR5以Java语言写成的序列查看工具。
ACTR2以Java语言写成的序列比较查看器。
GDA1.1主要用来进行不连续基因数据的统计分析。
RDP1.09从一组比对核酸序列中查找可能的重组序列软件。
Sequencher4.1.4Demo序列拼接软件。
MeltCalc2.06自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。
基因探索者1.0Demo中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件。
ConsInspector3.3DNA蛋白结合位点预测识别软件。
MatInd2.2与MatInspector2.2快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具。
GBuilder1.23JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件。
GenomePixelizer2002.2.15版帮助理解基因组中的簇基因(clusteringgene)之间的相互关系的软件。
LabBookGenomicXMLViewer3.3.0.41图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。
GeneConstructionKit2.5Demo管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件。
Genalysis2.1.2评估版比较基因组或大量基因序列的工具软件。
GenescanView查看基因扫描(genescan)格式.fsa文件的小软件。
WinGene2.31分析核酸序列的多用工具软件。
Sequin5.00数据库GenBank,EMBL,DDBJ查询软件。
Pyxis1.0分析一组功能相关的基因形成的基因簇是否具有统计学意义的软件。
GenomeComp1.3中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具
Apollo1.4.4Java语言开发的基因组注释显示编辑软件
SNPHunter1.65SNP(单核苷酸多态性)查找软件。
SSRHunter1.3SSR(SimpleSequenceRepeat,即简单序列重复,又称微卫星DNA)位点查找软件。
iCE3.4Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件。
RNA分析
RNAdrawRNA二级结构分析软件。
RNAstructure3.71预测RNA二级结构图。
RnaViz2.0RNA二级结构图绘制程序。
loopDloop2.07bJava语言写成的绘制RNA二级结构的软件。
Circles0.1.0使用比较的方法分析RNA二级结构软件。
RNAFoldRNA二级结构分析软件。
SStructView1.2用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件
ViennaRNAPackage维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包
蛋白质分析
ANTHEPROT5.0蛋白序列分析软件包。
pSAAM蛋白序列分析软件包。
VHMPT螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。
aminoXpress5.02免费的多功能蛋白分析软件包。
WinPep3.01分析蛋白序列的工具软件。
MPEx2.1研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。
Osprey1.0.1蛋白质相互作用网络可视化系统
PIN显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。
InterViewer3.0显示和分析蛋白交互作用软件
生化教学
mmp.zip将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。
linpath.zip线性酶反应模拟软件。
protlab3.01蛋白质纯化仿真软件。
MOLMED.ZIP生化基础概念演示教学程序。
Biochem1.75生化教学文件。
photo光合作用教学程序。
8个教学辅助程序包括化学键教学、光合作用、减数分裂、有丝分裂,还包括日蚀等等。
《生物化学》练习题软件本套题共包括14章内容,每章练习题有单项选择和多项选择两套题,题库总题数近700道。
Adrenalin肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示。
VirtualCellLab2.0多媒体细胞生物学教学程序。
生物画板5.0专门用于编写生物类教学文档工具软件。
中文生物化学三大代谢图
Virtlab2.0用于教学目的的虚拟的分子生物学实验室软件
生化工程
brd.zip生物反应器(发酵罐)设计软件。
BioStat4.1BioStatB发酵罐控制程序。
PenSimv2.0青霉素发酵模拟软件。
BioProSim4.0发酵实时模拟软件。
SuperProDesigner5.1评估版计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。
序列格式转换
vised1.1序列输入分析和格式转换软件。
ForCon1.0多序列文件格式转换软件。
SeqVerter1.581序列格式转换软件。
GeneStudioProPublicBeta6序列格式显示、编辑与转换工具软件。
FASTA/BLASTSCAN4.1betaFASTA与BLAST查询输出文件的处理软件。
RevComp2.4序列格式转换软件。
SeqnConverter2.3将不同格式的序列文件转换成FASTA格式软件。
MatchCode2.0将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件。
BioCocoa1.5提供给软件开发者Objective-C语言的各种序列格式的读写支持模块
DNACompress免费的DNA序列压缩软件
PCR相关
primerPremier5.0Demo引物设计工具。
Oligo6.65Demo引物分析著名软件。
PrimerD'Signer1.1专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件。
ArrayDesigner2.03Demo批量设计DNA和寡核苷酸引物工具,
BeaconDesigner2.12Demo实时荧光定量PCR分子信标(Molecularbeacon)及TaqMan探针设计软件。
NetPrimerJAVA语言写成的免费引物设计软件。
PC-Rare基于OFD(OctamerFrequencyDisparity)法的选择特定PCR引物的软件。
DNAWorks1.1帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。
TGGE-STARPCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。
ThePrimerGenerator在线引物设计程序。
Primer3比较有名的在线引物设计程序。
E-PCR查找DNA序列的STSs(sequencetaggedsites序列标签位点)的在线工具软件。
PrimoPro3.4在线PCR引物设计java系列软件。
PrimerSelection基于xprimer的在线引物设计软件。
PCRprimerselection选择引物用来扩增序列的一段精确区域的在线程序。
WebPrimer斯坦福大学提供的在线引物设计软件。
序列综合分析
MACAW2.05多序列构建与分析软件。
ClustalW1.83用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件。
ClustalX1.83ClustalWWindows界面程序。
FASTA34t21b5d数据库中查找同源序列软件。
GeneDoc2.6.02对序列进行相关分析等操作。
BLAST2.2.9与NetBlast2.2.9数据库中查找类似序列的软件及客户端软件。
SeqPup0.9生物分子序列编辑与分析软件。
K-Estimator6.1进化基因学研究软件,评估两条核酸序列核苷酸替代数。
BioEdit6.0.7序列编辑器与分析工具软件。
DAMBE4.13综合性序列工具软件。
LaserGene5.01Demo综合性序列工具软件。
SeaView图形化多序列队列编辑器。
Jalview1.7b用Java语言写的多序列队列编辑器。
DNASIS2.5Demo序列综合分析工具。
DNASISMaxTrail2.5序列综合分析工具。
GenamicsExpression1.1演示版是一个DNA与蛋白序列分析工具。
VectorNTIViewer4.0.1载体查看软件。
Jellyfish3.0多功能序列分析软件。
ProSeq2.9beta核酸序列编辑与种群遗传学分析软件。
SMS2DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合。
DSGENE1.5Trail核酸与蛋白序列综合性分析软件。
Staden2003.0.1综合序列装配、编辑、分析软件包。
VectorNTISuite8Demo综合性蛋白核酸分析工具包。
INCA0.38Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序。
ISYSv1.33build#140NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台。
DNAScriptor1.00DNA与蛋白序列综合分析软件。
SequenceQuickie-Calc2.5DEMO非常紧凑的分子生物学工具软件。
PhyloGrapher(2003.4.3)用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。
Woderful生物信息学系统2.5试用版综合中文序列分析软件。
bioxm2.2DNA序列资料的常规分析软件。
SeWeR3.0基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlastv.0.1.5免费的NCBIBLAST程序windows界面程序。
BioReadBlast和Fasta结果编辑处理程序
SeqVISTA1.5java语言编写的核酸或蛋白序列图像显示、比较软件
GENOMEEXPLORERJava语言编写的生物信息学综合工具软件
进化树分析
phylip3.6a3进化树分析软件,并可绘制进化树。
TreeView1.6.6进化树处理软件。
GeneTree1.3比较基因与种系进化树的程序。
NDE0.5.0用来编辑NEXUS格式文件的程序。
TreeMap1.0用来可视地比较主、从进化树的程序。
Spectrum分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件。
Phyltools1.32计算与处理进化树数据的软件。
tree-puzzle5.0核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。
ATV1.92JAVA语言编写的显示"NewHampshire"与NHX格式的进化树文件软件。
TREECON1.3bDemo构建和绘制进化树的软件包。
ProBiosys1.0比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。
COMPONENT2.0分析进化树免费软件。
NJplot小巧的显示进化树的免费软件NJplot。
MEGA2.1免费分子进化遗传分析软件
PAUP4PAUP的快速使用手册
质粒绘图
PlasmidProcessor1.02绘制质粒图软件。
PlasmidProcessorPro绘制质粒图软件,与PlasmidProcessor是同一个作者。
WinPlas2.7demo质粒绘图软件商业版。
DMUPbeta环状质粒绘图软件测试版。
PlasmidToolkit1.4s质粒绘制软件。
pDRAW1.1.60DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。
RedasoftVisualCloning2000Demo是有名的绘制质粒图RedasoftPlasmid1.1软件的升级版。
SimVector2.01Demo质粒图绘制软件。
CloneMap2.11Demo质粒作图软件演示版。
pCIRCLE2ndFlashMX2004制作的用于绘制环状质粒的软件
图像处理
ImageTool3.0科学用途的处理图像软件。
ImageJ1.31用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。
CrossChecker2.91基因指纹图分析软件。
ALFmap1.22ALF(AmershamPharmacia)图像格式转换软件。
BandLeader3.0凝胶图像处理软件。
ScionImage4.12图像处理与分析工具。
OSIRIS4.18通用医学图像处理与分析软件。
Melanie4Viewer免费Melanie图像查看器。
ChromoZoom1.1比较两个图像的相同与不同之处软件。
bandscan5.0Demo蛋白凝胶电泳图像分析软件。
SigmaScanPro5.0Demo图像分析软件30天全功能演示版。
SigmaGel1.0Demo凝胶图像分析软件。
TotalLab2.0评估版图像分析软件。
LabImage2.71评估版凝胶图像分析软件。
QuantiScan2.1Demo使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。
PDQuest6.2.130天试用版分析2维凝胶并生成数据库的标准软件。
EngaugeDigitizer2.5图形数字化软件。
可以将曲线图转化为数据与等式。
Grafula3v2.10图形数字化的软件;
GraphDigitizerversion2.16图形数字化软件。
PeakExplorer1.11处理试验图谱图像软件。
电泳图谱绘制器1.0处理电泳图谱图像软件。
VolocityLE32.6.1免费显微图像处理软件。
数据处理
STATISTICA6.0版Demo著名的数据统计软件。
ClickItGraph实验数据作图软件。
GraphPadPRISM4.0Demo著名的数据处理软件。
免费的Prism文件浏览器FreePrismViewer4.01。
CrossGraphs2.2多变量数据库图形显示软件。
SigmaPlot8.02Demo绘图和数据分析软件包30天全功能评估版。
SYSTAT10.2Demo数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版。
SigmaStat3.0Demo智能统计软件30天全功能演示版。
PeakFit4.12Demo自动分离、拟合与分析非线性数据软件。
TableCurve2D5.01Demo自动两维曲线拟合与经验公式查找软件。
TableCurve3D4.0Demo自动三维曲面拟合与经验公式查找软件。
SPSS12eval非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版。
Origin7.5Demo易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件。
DATb1.11进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件。
数据作图助手IIv2.1_A对实验结果进行数据分析和作图的专业软件。
正交设计助手II3.1正交实验设计辅助工具软件。
CurveExpert1.38实验数据处理绘图软件。
NoSA52003.12.23版中文非典型数据统计分析系统。
检索与阅读
医学搜索2001通用医学搜索软件。
超星图书阅览器3.7在线读取国家图书馆网上电子图书的客户端软件。
ica32t.exe中国生物学文献数据库检索客户端软件。
PathDB2.0(代谢途径数据库)检索程序。
PubCrawler1.8Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件。
npbook.exe国图网上图书浏览器插件。
PDGReader超星图书本地阅览器。
NetRose1.3可以下载超星3.52版本所有图书软件。
NetRoseBrowser1.3PDG格式浏览器。
BookExpress1.03d专门用于超星数字图书下载的工具软件。
EndNote6.0Demo专业参考文献查询软件。
ReferenceManager10Demo专业参考文献查询软件。
Procite5Demo参考资料检索管理软件。
CajViewer5.0读取中国期刊网电子期刊全文所必备的阅览器。
中国数图浏览器beta1.01浏览中国数图的必备软件。
中国数图欺骗程序0.8beta与中国数图浏览器配套使用,可以下载电子图书。
D-Library1.1.0中国数图下载软件。
书生之家浏览器精简版与全字库版3.3版浏览书生之家数字图书馆的必备软件。
百博阅读软件V2.30Build1030阅读百博数字图书馆的必备浏览器。
BookReaderforNLC1.0Build13数字图书(NLC)阅读器。
MiniViewerV1.59a5数图阅览器。
CompressItV2.0JBG(NLC)<->JPG转换功能软件。
Refs7.8参考文献管理软件。
Scholar'sAid2000文献参考资料等日常资料的整理软件。
paperworks1.0.3免费的参考文献管理软件。
维普浏览器查看免费的维普期刊全文数据库专用软件。
Dlib1.58b下载数图图书软件;
nlcdownload0.9.9国图图书下载系统。
医网打尽4.0版主要用于生物医学类和普通类搜索中文软件。
JaniSearch0.2智能搜索软件,包含16个医学、生物学相关的搜索引擎。
文献之星1.52+医学科研人员个人建立和管理文献信息软件。
专利相关软件
PatentIn3.2用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件。
Checker4.1用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件。
易优专利检索软件1.00检索专利软件。
GetIPDL2.7.1专利文献下载共享软件。
Patsee4.04Pro专利文献下载共享软件。
PatentOrderDesktop试用版1.7build264专利文献下载共享软件。
PatMate1
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