MaterialsStudioLinux集群安装手册比较详细.docx
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MaterialsStudioLinux集群安装手册比较详细.docx
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MaterialsStudioLinux集群安装手册比较详细
MaterialsStudioLinux集群安装手册
一、安装Linux操作系统,进行系统配置
一般都建议最小化安装,不用安装图形界面。
下面我以redhatenterpriselinux6.0x86-64在AMDAthlon(tm)64X2DualCoreProcessor4400+电脑上的安装为例。
rhel6.0的安装过程和windows差不多,一路下一步(或Next)基本就ok了,在您要进行哪种类型的安装?
你如果是第一次安装,是新硬盘的话可以选使用所有空间,并勾选下边的查看并修改分区布局,然后下一步,你可以看下大概的分区情况,在RedHatEnterpriseLinux的默认安装是基本服务器安装。
如果对Linux不太熟的话,最好选择软件开发工作站(或SoftwareDevelopmentWorkstation),这样基本上把要用的软件都安装上了,然后再选上下边的现在自定义(或Customizenow),再下一步,然后把所有能选上的软件都选上,再一路下一步。
安装完以后,创建一个非root用户,比如创建一个msi用户,root和msi用户密码设的简单一些比较好,别一会儿你自己都忘了,我是root和msi用的一个密码,当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些,这样课题提高系统的安全性。
gcc
glibc-2.3.4-2.43(32-bitand64-bit)
libgcc-3.4.6-11(32-bitand64-bit)
libstdc++-33-3.4.6-11(32-bitand64-bit)
compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3(32-bit)
hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64
这几个补丁,好像除了hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11(32-bit)没有装上之外,别的都给你装好了。
这里要说的是,这些补丁每个节点都要装,千万记住。
你可以用命令:
rpm-qa|grepgcc查询,当然你要查libstdc++就要用命令:
rpm-qa|greplibstdc++了。
对于hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64和libstdc++-33-3.4.6-11(32-bit)的安装可以用命令rpm安装,首先切换到这两个软件包所在的目录下,执行下列命令,格式如下:
rpm-ivhlibstdc++-33-3.4.6-11.i386.rpm
rpm-ivhhpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm
注意,这里都是在root用户执行的操作,
二.为msi用户添加sudo命令使用权限,运行命令suroot,输入root用户的登录密码后,使用vi命令进行下面的修改:
在root权限下,运行命令:
vi/etc/sudoers
#在rootALL=(ALL)ALL这一行下面添加一行msiALL=(ALL)ALL
然后运行命令:
:
wq!
#在命令模式下,强制执行存盘退出操作
注:
修改后,则成功添加msi用户使用sudo命令的权限,在往后的安装中可方便进行提权操作。
三.于各节点安装HP-MPI,安装方法:
a.挂载MS安装光盘,对应系统版本进入下列相应目录进行安装,下面是版本信息:
1
2
3
:
UNIX/Linux/hpmpi/forolderIA32Linux
:
UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/forIA32Linuxsystemswithx86_64
:
UNIX/Linux_IA64/hpmpi/forIA64Linux.
b.安装时需要使用root用户进行安装,终端运行suroot后输入密码登录为root,使用下面安装命令:
1
:
rpm-ivh/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm
c.安装后出现下面提示即成功安装
四.查看各节点网络状态,修改主机名
可以使用ifconfig命令,查看各个节点的网络状态。
rhel6.0开机后网络是处于禁用状态,要激活网络接口,可以使用命令:
ifcfgeth0start或ifupeth0。
一般情况下rhel6.0在安装的过程中都可以认出主机的网卡,如果由于网卡太新没有认出来,那就需要到网卡官方网站下载Linux网卡驱动程序进行安装了,网上教程很多很容易掌握。
使用hostname指令设置主机名。
在命令行中输入下面的命令:
hostnamemsinode1
注意:
使用hostname指令设置的主机名称仅在系统重新启动前起效,重启系统后将使用原来的主机名称。
如果希望启动系统后生效,则需要修改文件“/etc/hosts”。
五.配置SSH免认证登录,配置过程:
a.SSH免认证登录的配置:
i.测试是否已经安装SSH,于终端(Terminal)中输入sshlocalhost后回车,若出现下面提示:
则表示已经安装SSH。
若提示失败,则需要放入安装光盘进行安装。
ii.于终端中输入ssh-keygen-trsa,此时它会提示你生成SSH的密钥。
iii.此时无须设置密码,你只需要点击回车就可以了,生成的公钥和私钥会保存~/.ssh/目录下。
iv.进入目录~/.ssh/(命令:
cd~/.ssh/),运行命令:
1
:
cpid_rsa.pubauthorized_keys,将公钥进行复制。
v.同样地,在其他节点上运行上面的命令,将各节点中得到的authorized_key中的内容复制出来,汇总到一个文件中,命名为authorized_key,并放置于各节点的~/.ssh/目录下(覆盖原有文件)。
#可以在xp下使用WinSCP软件进行管理,就像处理word文档一样复制粘贴就行了,每个节点的authorized_key内容在汇总的authorized_key里各占一行。
vi.修改.ssh/目录下的文件权限以及目录权限,运行命令:
1
2
:
chmod600*
:
chmod700.
vii.再修改home目录的权限为只读,运行命令:
1
2
:
cd~
:
chmod755.
viii.在各节点的对应目录重复以上命令,如成功的话,对localhost(或者其他节点机器名)进行ssh连接则不会再出现密码提示,如图:
ix.为加快SSH连接速度,使用vi命令(需要root权限)修改各个节点的/etc/hosts文件,运行下列命令:
1
:
sudovi/etc/hosts
显示如下:
1
2
3
4
5
6
:
#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms
:
#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.
:
127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost
:
:
:
1 localhost6.localdomain6localhost6
:
192.168.2.160 mscnode1
:
192.168.2.161 mscnode2
x.将127.0.0.1后对应的主机名删除,添加集群中各节点的IP地址和机器名,保存后退出即可,示例如下所示:
1
2
3
4
5
6
7
8
:
#Donotremovethefollowingline,orvariousprograms
:
#thatrequirenetworkfunctionalitywillfail.
:
#127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost
:
:
192.168.128.160 mscnode1
:
192.168.128.161 mscnode2
:
:
w#保存,如果显示无法保存可以在w后加!
强制执行
:
:
q#退出
xi.SSH免认证登录可使用WinSCP软件进行简化。
六.以集群模式安装MS
1.先将MS文件上传到主节点。
可以以打包的形式上传,也可以先做成ISO,我一般是习惯先做成ISO上传,以免出现权限不够的问题,遇到权限不够的时候改变文件属性,加上执行权限就可以了。
2.上传后将ISO文件挂载到某一目录下,如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中,命令示例如下:
1
2
:
mkdir/mnt/iso
:
mount-oloop-tiso9660ms50_unix.iso/mnt/iso
3.在主节点上切换到MS安装用户,这里用的是hope,然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行
1
2
:
./Install--typecluster
:
或是直接./mnt/iso/UNIX/Install--typecluster
--typecluster这个参数是并行时必须加的参数,另一个要注意的就是要用非root用户安装。
4.如果执行上述命令后出现无法安装的提示,可使用下列命令进行提权:
1
:
chmod777/mnt/iso/-R
5.安装过程中其他基本上用默认的就可以,但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下,每个节点放一个tmp,这样可以减少节点间的通信量,提高性能。
比如说我的安装目录是/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50,Accelrys是我要共享给其他节点的目录,那tmp我就放在/home/hope/下,用MS的用户创建,保证可写入。
其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。
6.安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点,方法如下:
1
2
:
vi/etc/exports#加入下面一行内容:
:
/home/msi/Accelrys*(rw,no_root_squash)
7.然后重启nfs服务,servicenfsrestart。
如出现错误提示,则参考《Linux下配置安装NFS》文章中检查portmap服务是否已经启动或者运行命令是否有root权限。
1)NFS服务所需的套件
(1)portmap
运行命令查询portmap是否安装:
rpm–qa|grepportmap
#显示portmap-4.0-65.2.2.1表示已正确安装
(2)nfs-utils
运行命令查询nfs-utils是否安装:
rpm–qa|grepnfs-utils
#显示一下内容表示已正确安装
nfs-utils-lib-1.0.8-7.2.22
nfs-utils-1.0.9-33.el5
2)启动NFS服务
NFS服务要正常运行,必须先启动portmap服务。
使用以下命令就可以启动NFS服务:
serviceportmapstart
servicenfsstart
3)停止NFS服务:
servicesmbstop
4)重启NFS服务
servicesmbrestart
8.然后到其他节点上使用root用户登录,执行挂载命令:
1
:
mount-tnfs主节点名或iP地址:
/home/hope/Accelrys//home/hope/Accelrys/
若出现错误提示,则检查该节点是否已经新建Accelrys文件夹、防火墙是否已经关闭以及SELinux功能是否已经关闭。
9.导入证书。
在安装光盘中找到msi.lic文件,将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后,文件名改为msi.lic放到/home/hope/Accelrys/LicensePack/Licenses里。
在Terminal中运行:
1
:
./home/hope/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin
然后在图形界面下进行证书的导入。
如果没有图形界面的话,使用下面命令可以启用命令行的
LicensesadministrationTools:
1
2
3
:
:
:
10.修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX,写上各节点的机器名:
CPU数。
11.修改/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。
12.重新启动网关,进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway,执行
1
:
./msgateway_control_18888restart
13.由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话,可执行下面的命令:
1:
2:
cp/home/hope/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888/etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888#接上一行
再执行命令:
/sbin/chkconfig--addmsgateway_control_18888
14.至此,MS的集群安装基本完成
15.备注:
1.防火墙配置要注意,测试时请先关闭防火墙及SELinux
Linux关闭防火墙
1)重启后永久性生效:
开启时执行命令:
chkconfigiptableson
关闭时执行命令:
chkconfigiptablesoff
2)即时生效,重启后失效:
开启时执行命令:
serviceiptablesstart
关闭时执行命令:
serviceiptablesstop
关闭SELinux的方法:
修改/etc/selinux/config文件中的SELINUX="0"为disabled,然后重启。
如果不想重启系统,使用命令setenforce0。
#也可以在X-windows下进行配置
2.SSH免认证配置需要仔细进行权限配置,一般出问题了都是权限的问题。
3.上述过程中,NFS和Portmap服务没有注册为自动启动,nfs共享目录也没有进行自动挂载,当节点关机后需要重新进行挂载。
同样,License服务也没有注册为系统服务,重启后可能需要重新启动License认证服务。
4.关于Lniux的安装过程以及VMTools的安装待续。
七.在windows下添加materialsstudio集群计算的Gateway
1.打开Tools下的ServerConsole
2.新建一个ServerGateway
3.在下图中输入主节点的IP地址,再RunDiagnostics,如果显示SUCCESS,再点ok,完成windows和linux集群的连接
4.在linux下输入文件名或路径的时候可以输头几个字母,在按Tab键进行自动补齐,可以提高工作效率,“#”后的都表示注解内容
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