Polyphen2和SIFT教程.ppt
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- 上传时间:2023-10-21
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Polyphen2和SIFT教程.ppt
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用Polyphen2和SIFT进行突变/SNP功能预测,三个网址,Polyphen2:
http:
/genetics.bwh.harvard.edu/pph2/SIFT:
http:
/sift.jcvi.org/以上两个在线应用的软件,主要对SNP以及点突变进行功能预测,但预测限于错义突变,其他无义突变(突变为终止密码)、碱基缺失、插入所造成的框移突变,以及起始密码子的突变均不可以预测!
Uniportdatabase:
http:
/www.uniprot.org/这个网址用于查找蛋白质序列和获取FASTA格式,数据准备,两个网站均为在线提交数据,提交的数据文件格式可有以下两种:
第一种为蛋白质的氨基酸序列,按照FASTA格式编写第二种为蛋白质在Uniportdatabase中的ID,获取蛋白质序列或ID,可以在NCBI中查找,也可以直接在Uniportdatabase中查找,此处填写蛋白质名称,查询结果,仔细核对以上数据,ID就是所在polyphen2中需要号码,以humanDAX-1为例,ID为P51843,ID,蛋白质名称,种属,点击所需要的蛋白质ID链接,在出现的页面中可以详细查看DAX-1的信息,再次核对是否正确,注意右上角的几列标签,如图,点击,获取FASTA格式数据,此数据可能会被下载,下载后可以用记事本程序打开,或者有时会在浏览器中直接打开,可以将其中数据全部复制备用,下方即是打开的FASTA数据,最上面是蛋白质的信息(含ID、名称、种属),下方是氨基酸序列,sp|P51843|NR0B1_HUMANNuclearreceptorsubfamily0groupBmember1OS=HomosapiensGN=NR0B1PE=1SV=2MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNVALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGLPGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQRPGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSSGALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELAQDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQAIKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQGPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI,Polyphen2应用,进入网站:
http:
/genetics.bwh.harvard.edu/pph2/,在这里以我们以前发现的DAX-1L262P这个突变举例,在红框出填入已经查到的ID,下方FASTA数据可以不用输;绿框中输入突变氨基酸位置;在AA1中选择L,AA2中选择突变后的P,最后点Submit,运行画面,每隔5-10秒点refresh刷新页面,直至Results中出现View,然后点击View,结果,一般突变预测看第二条图HumVar的结果,分数越接近1.0,损害可能越大,越接近0,损害可能性越小:
结果分为benign,possiblydamaging以及probablydamaging注:
possibly为有可能,probably为很可能,练习,小常所发现的SF-1基因一处SNP:
G146A,请用Polyphen2进行预测,蛋白质功能是否受到影响?
最后结果,SIFT,进入网站:
http:
/sift.jcvi.org/在singleproteintools中找到SIFTsequence,点击打开进入数据提交新页面,填入自己email,SIFT运算时间在20min左右,你可以等,也可以让他把邮件发送过来,蛋白质FASTA数据,将下载好的蛋白质Fasta数据上传即可,或者将用记事本或浏览器打开的Fasta数据copy至此数据框中,蛋白质序列可以截选,但必须有第一行的蛋白质信息数据,此处填蛋白质突变或SNP位点信息,如S578N,L262P,G146A等,SIFT预测ARS578N功能变化,在Uniport中搜索AndrogenReceptor,下载FASTA数据,如下图为浏览器打开后的结果,sp|P10275|ANDR_HUMANAndrogenreceptorOS=HomosapiensGN=ARPE=1SV=2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ,此为第一行蛋白质信息,如果采用copy至数据输入框,而不是采用文件上传方法,红框中数据必须黏贴进输入框,而后面的蛋白质序列只需黏贴需要部分,注意:
一般来说用文件上传方法比较简单,但SIFT对氨基酸序列有要求,大于500的氨基酸序列不能分析,故像AR这种有919个AA的就不能采用直接上传模式,而要将氨基酸序列裁剪过后按Fasta格式黏贴至数据框中,sp|P10275|ANDR_HUMANAndrogenreceptorOS=HomosapiensGN=ARPE=1SV=2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ,我们需要先编辑FASTA数据,在记事本中打开,首先找到第578位的S(红色标出),因为SIFT最佳预测大小为300-400左右的氨基酸序列,那么我们将之前的400个氨基酸删除(蓝色部分),那么我们的突变位点就从S578N变为S178N,最后将末尾的139个氨基酸也一并删除(咖啡色),保留中间389个氨基酸,加上第一行的蛋白质信息,这就是我们需要提交的数据,将刚才编辑好的数据填入这个框中(之前介绍过这个数据输入框),此框中填入突变信息S178N,页面中其他选项保持默认就可以,一般不需要更改,最后提交就可以,OK!
现在大家可以泡杯咖啡或茶,聊聊天,过个5-10分钟就可以出结果,一般不超过20分钟,如果出错,会有错误信息提示给你。
如果你填好了邮箱,也可以不必等,过一会收邮件就可以。
结果会有一堆英文,看了头痛,直接找到ScaledProbabilitiesforEntireProtein和Predictionsofsubstitutionsentered两处链接,分别点击进去。
ScaledProbabilitiesforEntireProtein给出了所提交氨基酸每个位点发生突变后的计算分数,只要分数小于0.05就认为可能影响到蛋白质功能而Predictionsofsubstitutionsentered直接给出预测答案,ScaledProbabilitiesforEntireProtein结果图示,178S与N交集处分数为0.00,所以AR突变S578N影响雄激素受体蛋白质功能,WellDone!
Predictionsofsubstitutionsentered结果,这个,这个我就不解释了,大家应该都看得懂了,就简单介绍到这,谢谢大家耐心看完有什么问题的话可以发邮件给我交流拜拜,我睡觉了下面还有哦,满月咯,我在等爸爸回家哦,10月再见!
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