ubuntu下并行安装lammps教程需联网超简单 亲测成功适合小白Word文档格式.docx
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ubuntu下并行安装lammps教程需联网超简单 亲测成功适合小白Word文档格式.docx
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Password:
#输入密码,回车
root@lqjunzi:
/home/lqjunzi##可以看到最前面的用户名已经由lqjunzi变成啦root,而后面的~$也变成了#,#是在root下操作的标志
3.下载lammps安装包,下载后的安装包默认在/home/lqjunzi/Downloads目录下,这里的lqjunzi是安装系统时的用户名,习惯的将下载后的lammps-stable.tar.gz复制至/home/lqjunzi/sw目录下(完全可以不复制,就在Downloads下操作,只是个人习惯,如不移动则后面操作目录相应改变)
/home/lqjunzi#mkdirsw#在/home/lqjunzi目录下建立sw文件夹
/home/lqjunzi#cdDownloads#进入Downloads文件夹
/home/lqjunzi/Downloads#cplammps-stable.tar.gz../sw#复制到vm目录下,文件名在输入的时候可以输入lamm后按table键,会自动补全剩余文件名,简化输入
/home/lqjunzi/Downloads#cd../sw#进入sw目录
/home/lqjunzi/sw#gunziplammps-stable.tar.gz#解压
/home/lqjunzi/sw#tarxvflammps-stable.tar#解压
/home/lqjunzi/sw#ls#显示该文件夹下的文件/文件夹。
发现一个lammps-14Mayxxx之类的文件夹
/home/lqjunzi/sw#mvlammps-14Mayxxxlmp#将解压后的文件夹命名为lmp,方便操作,这里lammps-14Mayxxx可能会因为你下载的软件不同(lammps经常更新)而不同
/home/lqjunzi/sw#cdlmp/src/MAKE/MACHINES#进入该文件夹
/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES#ls#显示该文件夹下的文件/文件夹。
看到存在一个Makefile.ubuntu文件,这就是编译lammps所需要的文件,文件内容付在教程最后,其他教程中都需要改这个文件,然而对于新手来说很容易出错,通过查看手册发现根本不需要对这个文件进行修改,这就避免了出错。
/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES#geditMakefile.ubuntu#打开这个文件,这一步与安装无关,只是为了说明为什么要装下面那几个packages,但建议打开阅读一遍,并结合手册,看有没有需要更改的地方,我就是看了手册以后发现这个文件根本不用修改,而我查到的很多教程都需要修改,修改就容易出错,当然对于非ubuntu系统就不一定了,这里不作讨论。
可以看到需要安装几个packages才能安装
4.安装必要packages,依次输入并执行以下命令,时间根据电脑配置和网速不同,几分钟一般,以下为安装必要packages指令,不再一一解释。
apt-getinstallbuild-essential
apt-getinstallg++
apt-getinstallmpi-default-bin
apt-getinstallmpi-default-dev
apt-getinstalllibfftw3-dev
apt-getinstalllibjpeg-dev
apt-getinstalllibpng12-dev
#如果上述packages安装过程中出现依赖关系错误,就执行apt-get-finstall语句,然后再次安装(我安装的时候没出现问题)
5.编译
cd../..#回到/home/lqjunzi/sw/lmp/src/目录
makeclean-all#先清理一下
makeubuntu#开始编译,时间很长,十几分钟大约,没提示错误的话就是成功了
ls#检查编译结果,如果编译成功在/home/lqjunzi/sw/lmp/src/下会生成一个lmp_ubuntu文件,如下图所示。
6.运行例子,以friction为例
cplmp_ubuntu../examples/friction/#将lmp_ubuntu复制到../examples/friction/文件夹下
mvlmp_ubuntulmp#改名,方便操作
./lmp<
in.friction#运行
运行结果
生成的log文件
以上就是教程全部内容,祝安装成功!
下面是Makefile.ubuntu的文件内容和我安装时所查的linux基本操作命令(都是复制的别人的,没有标出处,见谅。
内容不是很全,太基础的没放,且格式很乱,将就着看吧,希望能有所帮助)。
Makefile.ubuntu文件内容:
#ubuntu=UbuntuLinuxbox,g++,openmpi,FFTW3
#youhavetoinstallthepackagesg++,mpi-default-bin,mpi-default-dev,
#libfftw3-dev,libjpeg-devandlibpng12-devtocompileLAMMPSwiththis
#makefile
SHELL=/bin/sh
#---------------------------------------------------------------------
#compiler/linkersettings
#specifyflagsandlibrariesneededforyourcompiler
CC=mpic++
CCFLAGS=-g-O3#-Wunused
SHFLAGS=-fPIC
DEPFLAGS=-M
LINK=mpic++
LINKFLAGS=-g-O3
LIB=
SIZE=size
ARCHIVE=ar
ARFLAGS=-rc
SHLIBFLAGS=-shared
#LAMMPS-specificsettings,allOPTIONAL
#specifysettingsforLAMMPSfeaturesyouwilluse
#ifyouchangeany-Dsetting,dofullre-compileafter"
makeclean"
#LAMMPSifdefsettings
#seepossiblesettingsinSection2.2(step4)ofmanual
LMP_INC=-DLAMMPS_GZIP-DLAMMPS_JPEG-DLAMMPS_PNG-DLAMMPS_FFMPEG
#MPIlibrary
#seediscussioninSection2.2(step5)ofmanual
#MPIwrappercompiler/linkercanprovidethisinfo
#canpointtodummyMPIlibraryinsrc/STUBSasinMakefile.serial
#use-DMPICHandOMPIsettingsinINCtoavoidC++libconflicts
#INC=pathformpi.h,MPIcompilersettings
#PATH=pathforMPIlibrary
#LIB=nameofMPIlibrary
MPI_INC=
MPI_PATH=
MPI_LIB=
#FFTlibrary
#seediscussioninSection2.2(step6)ofmanaul
#canbeleftblanktouseprovidedKISSFFTlibrary
#INC=-DFFTsetting,e.g.-DFFT_FFTW,FFTcompilersettings
#PATH=pathforFFTlibrary
#LIB=nameofFFTlibrary
FFT_INC=-DFFT_FFTW3
FFT_PATH=
FFT_LIB=-lfftw3
#JPEGand/orPNGlibrary
#seediscussioninSection2.2(step7)ofmanual
#onlyneededif-DLAMMPS_JPEGor-DLAMMPS_PNGlistedwithLMP_INC
#INC=path(s)forjpeglib.hand/orpng.h
#PATH=path(s)forJPEGlibraryand/orPNGlibrary
#LIB=name(s)ofJPEGlibraryand/orPNGlibrary
JPG_INC=
JPG_PATH=
JPG_LIB=-ljpeg-lpng
#buildrulesanddependencies
#donoteditthissection
includeMakefile.package.settings
includeMakefile.package
EXTRA_INC=$(LMP_INC)$(PKG_INC)$(MPI_INC)$(FFT_INC)$(JPG_INC)$(PKG_SYSINC)
EXTRA_PATH=$(PKG_PATH)$(MPI_PATH)$(FFT_PATH)$(JPG_PATH)$(PKG_SYSPATH)
EXTRA_LIB=$(PKG_LIB)$(MPI_LIB)$(FFT_LIB)$(JPG_LIB)$(PKG_SYSLIB)
EXTRA_CPP_DEPENDS=$(PKG_CPP_DEPENDS)
EXTRA_LINK_DEPENDS=$(PKG_LINK_DEPENDS)
#Pathtosrcfiles
vpath%.cpp..
vpath%.h..
#Linktarget
$(EXE):
$(OBJ)$(EXTRA_LINK_DEPENDS)
$(LINK)$(LINKFLAGS)$(EXTRA_PATH)$(OBJ)$(EXTRA_LIB)$(LIB)-o$(EXE)
$(SIZE)$(EXE)
#Librarytargets
lib:
$(ARCHIVE)$(ARFLAGS)$(EXE)$(OBJ)
shlib:
$(CC)$(CCFLAGS)$(SHFLAGS)$(SHLIBFLAGS)$(EXTRA_PATH)-o$(EXE)\
$(OBJ)$(EXTRA_LIB)$(LIB)
#Compilationrules
%.o:
%.cpp$(EXTRA_CPP_DEPENDS)
$(CC)$(CCFLAGS)$(SHFLAGS)$(EXTRA_INC)-c$<
%.d:
$(CC)$(CCFLAGS)$(EXTRA_INC)$(DEPFLAGS)$<
>
$@
%.cu$(EXTRA_CPP_DEPENDS)
#Individualdependencies
depend:
fastdep.exe$(SRC)
@./fastdep.exe$(EXTRA_INC)--$^>
.depend||exit1
fastdep.exe:
../DEPEND/fastdep.c
cc-O-o$@$<
sinclude.depend
以下是没有整理的基本linux命令汇总:
sudopasswdroot创建初始root密码
~$sudopasswdroot
已成功更新密码
~$
解压
gunzipmpich2-1.3.1.tar.gz
tarxvfmpich2-1.3.1.tar
新建文件夹
1如果你要在那里建一个叫test的文件夹
输入cd/home回车就到了home目录
输入mkdirtest就可以了
2如果在文件夹里添加(就是创建)一个文件例如a.txt
输入touchtest/a.txt回车
3删除rm-rftest/回车
删除文件/夹
rm-removefilesordirectories
Bydefault,rmdoesnotremovedirectories.Usethe--recursive(-ror-R)optiontoremoveeachlisteddirectory,too,alongwithallofitscontents.
-r,-R,--recursiveremovedirectoriesandtheircontentsrecursively
-d,--dirremoveemptydirectories
Toremoveafilewhosenamestartswitha'
-'
forexample'
-foo'
useoneofthesecommands:
rm---foo
rm./-foo
检查下自己的机器是否已经安装c和fortran编译器。
Linux一般有gcc,g++,gfortran和intel的fortran,可以用whichg++和whichgfortran查看是否存在安装目录。
这里用ubuntu源里的g++和gfortran,保证联网的情况下用以下命令:
sudoapt-getinstallbuild-essential
sudoapt-getinstallg++
sudoapt-getinstallgfortran
安装软件
apt-get常用实例
apt-cachesearchpackagename搜索包
apt-cacheshowpackagename获取包的相关信息,如说明、大小、版本等
apt-getinstallpackagename安装包
apt-getinstallpackagename--reinstall重新安装包
apt-get-finstall修复安装”-f=–fix-missing”
apt-getremovepackagename删除包
apt-getremovepackagename--purge删除包,包括删除配置文件等
apt-getupdate更新源
apt-getupgrade更新已安装的包
apt-getdist-upgrade升级系统
apt-getdselect-upgrade使用dselect升级
apt-cachedependspackagename了解使用依赖
apt-cacherdependspackagename是查看该包被哪些包依赖
apt-getbuild-deppackagename安装相关的编译环境
apt-getsourcepackagename下载该包的源代码
apt-getclean清理无用的包
apt-getautoclean清理无用的包
apt-getcheck检查是否有损坏的依赖
root@lqjunzi-Lenovo-G400s:
/home/lqjunzi/sw/lmp/examples/friction#./lmp<
in.friction
您需要管理员权限来安装一个.deb文件。
打开终端后,输入:
sudodpkg-ipackage_file.deb
要卸载一个.deb文件,在您的软件包管理器中取消选中它。
或者在终端中,输入:
sudodpkg-rpackage_name
dpkg是一个Debian的一个命令行工具,它可以用来安装、删除、构建和管理Debian的软件包。
下面是它的一些命令解释:
1)安装软件
命令行:
dpkg-i<
.debfilename>
示例:
dpkg-iavg71flm_r28-1_i386.deb
2)安装一个目录下面所有的软件包
dpkg-R
dpkg-R/usr/local/src
3)释放软件包,但是不进行配置
dpkg–unpackpackage_file如果和-R一起使用,参数可以是一个目录
dpkg–unpackavg71flm_r28-1_i386.deb
4)重新配置和释放软件包
dpkg–configurepackage_file
如果和-a一起使用,将配置所有没有配置的软件包
dpkg–configureavg71flm_r28-1_i386.deb
5)删除软件包(保留其配置信息)
dpkg-r
dpkg-ravg71flm
6)替代软件包的信息
dpkg–update-avail<
Packages-file>
7)合并软件包信息
dpkg–merge-avail<
8)从软件包里面读取软件的信息
dpkg-Apackage_file
9)删除一个包(包括配置信息)
dpkg-P
10)丢失所有的Uninstall的软件包信息
dpkg–forget-old-unavail
11)删除软件包的Avaliable信息
dpkg–clear-avail
12)查找只有部分安装的软件包信息
dpkg-C
13)比较同一个包的不同版本之间的差别
dpkg–compare-versionsver1opver2
14)显示帮助信息
dpkg–help
15)显示dpkg的Licence
dpkg–licence(or)dpkg–license
16)显示dpkg的版本号
dpkg–version
17)建立一个deb文件
dpkg-bdirec×
y[filename]
18)显示一个Deb文件的目录
dpkg-cfilename
19)显示一个Deb的说明
dpkg-Ifilename[control-file]
20)搜索Deb包
dpkg-lpackage-name-pattern
dpkg-Ivim
21)显示所有已经安装的Deb包,同时显示版本号以及简短说明
dpkg-l
22)报告指定包的状态信息
dpkg-spackage-name
dpkg-s
- 配套讲稿:
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