地中海贫血相关基因检测试剂注册技术审查指导原则Word下载.docx
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αCSα/(HBA2:
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C)占患病人群总数的98%。
α-地贫基因型和临床分型的关系已经基本阐明。
α-地贫的表型严重程度随着功能性α-珠蛋白基因的减少而加重:
(1)1个α-基因缺失或点突变(-α/αα或ααT/αα或αTα/αα),称为静止型α-地贫,通常不贫血,血液学表现为小细胞低色素;
(2)2个α-基因缺失或复合-α基因点突变,或点突变,其基因型为--/αα或-α/-α或-α/ααT或αTα/-α或αTα/αTα,称为轻型α-地贫,临床表现为不贫血或轻度贫血,血液学检查有小细胞低色素特征;
(3)3个α-基因缺失或复合α基因点突变,基因型为--/-α或--/αTα,称为中间型α-地贫,又称HbH病,患者有轻至重度贫血。
某些基因型为αTα/αTα的病例(如αCSα/αCSα、αQSα/αQSα和αCSα/αQSα)也表现为HbH病。
通常,--/αTα的非缺失型HbH病较单纯缺失型HbH病(--/-α)的临床表现更为严重,特别是基因型为--/αCSα或--/αQSα的HbH病患者,贫血程度较为严重;
(4)4个α-基因缺失,其基因型为--/--,称为重型α-地贫,又称HbBart’s胎儿水肿综合征,此类个体一般无法存活到出生或分娩后半小时内死亡。
β-地贫是由于β-珠蛋白基因发生突变而引起,以点突变为主,少数为缺失型。
β-珠蛋白基因簇位于11p15.3,包括2个成人期表达基因(β和δ),基因的排列顺序为5’-δ-β-3’。
根据β-珠蛋白链合成量的程度,可将β-地贫分为3类:
(1)β0地贫,β-珠蛋白链完全不能合成,其所在的等位基因称为β0地贫等位基因;
(2)β+地贫,β-珠蛋白链合成减少,其所在的等位基因称为β+地贫等位基因;
(3)β++地贫,又称沉默型β-地贫,β-珠蛋白链合成轻微减少。
中国已至少报道84种β-珠蛋白基因点突变和11种β-珠蛋白基因缺失。
其中,6种点突变:
HBB:
c.126_129delCTTT,HBB:
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T,HBB:
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G,HBB:
c.79G>
A,HBB:
c.316-197C>
T和HBB:
c.216_217insA占了全部突变类型的90%以上。
β-地贫的临床表型可分为4种:
(1)静止型β-地贫,基因型为β++/βN,血液学表型正常或临界,一般只能通过分子诊断识别;
(2)轻型β-地贫,基因型为β0/βN或β+/βN,临床表现为小细胞低色素和HbA2值升高;
(3)中间型β-地贫,基因型为β+/β+或β+/β0,表型变异范围大,可从轻度贫血到中度贫血,多于幼儿期出现中度贫血;
(4)重型β-地贫,基因型为β+/β0或β0/β0,通常伴有严重贫血,需要定期输血才能存活。
患儿出生时无症状,常于婴儿期(3-12月龄)发病。
如不治疗,患儿多于5岁前死亡。
此外,中间型的分子基础较为复杂,显性β-地贫突变的杂合子(βD/βN),合并α-地贫突变的β-地贫突变纯合子(β0/β0),或合并α-珠蛋白三联体的β-地贫突变杂合子(β0/βN或β+/βN),也会显示中间型的表型。
20__年发布的《重型β-地中海贫血的诊断和治疗指南》明确规定:
对于重型β-地中海贫血的诊断,有条件者均应进行基因诊断,基因型为纯合子或双重杂合子为确诊本病的指标。
20__年发布的《儿童非输血依赖型地中海贫血的诊治和管理专家共识》也明确规定:
地贫基因检测为非输血依赖型地贫的诊断依据之一。
另外,国家卫生健康委员会发布的相关文件要求:
为减少重型地贫患儿出生,在我国地贫高发省份实施地贫防控试点项目。
主要流程包括:
(1)对新婚夫妇和计划怀孕夫妇在怀孕前或孕期进行血常规初筛;
(2)对夫妇一方或双方血常规检查结果阳性的夫妇进行血红蛋白分析复筛;
(3)对血红蛋白分析复筛结果均为阳性的夫妇,取其抗凝静脉全血进行相应的α+β地贫基因检测;
(4)综合夫妇双方病史询问、地贫筛查和基因检测结果,判定为高风险夫妇。
对高风险夫妇进行追踪,及时了解受检妇女怀孕情况,指导女方在怀孕后适宜时期接受产前诊断。
产前诊断的对象为胎儿,样本类型为胎儿的绒毛、羊水和脐带血,检测项目为相应的地贫基因检测。
综上,结合该类产品临床使用的实际情况,本指导原则的预期用途可为:
用于体外定性检测人外周静脉全血或胎儿羊水等样本中基因组DNA的α-和/或β-地贫相关基因,用于α-和/或β-地贫的辅助诊断(遗传诊断),地贫高风险夫妇的评估,或胎儿的产前遗传诊断等。
结合该类产品在中国注册的实际情况以及当前的认知,本指导原则仅对“α-和/或β-地贫的辅助诊断(遗传诊断)”预期用途的相关内容进行了详细阐述。
针对其他预期用途,本指导原则仅对部分内容进行了阐述,申请人应根据产品特性,对本指导原则未涉及的内容进行补充并做出相应评价。
本指导原则的技术要求是基于PCR探针法方法建立的,对于其他分子生物学检测技术(如:
PCR-反向点杂交法和gap-PCR法等),可能部分要求不完全适用或本文所述技术指标不够全面,申请人可以根据产品特性对不适用部分进行或补充其他的评价和验证,但需阐述不适用的理由,并验证替代方法的科学合理性。
本指导原则适用于进行首次注册申报和相关许可事项变更的产品。
二、注册申报资料要求
(一)综述资料综述资料主要包括产品预期用途、产品描述、有关生物安全性的说明、研究结果的总结评价以及国内外同类产品上市情况介绍等内容。
其中,同类产品上市情况介绍部分应着重从方法学、检验原理、检测的突变类型以及临床意义等方面详细说明申报产品与目前市场上已获批准的同类产品之间的主要区别。
综述资料应符合《体外诊断试剂注册管理办法》(原总局令第5号,以下简称《办法》)和《关于公布体外诊断试剂注册申报资料要求和批准证明文件格式的公告》(原总局公告20__年第44号),以下简称《44号公告》的要求。
(二)主要原材料的研究资料主要原材料研究资料包括主要反应成分、对照品(质控品)及企业参考品的研究资料。
1.
此类产品的主要反应成分一般包括人基因组核酸提取/纯化试剂、检测所需引物、探针、酶、dNTPs、反应缓冲液等。
申请人应提交相关原材料的选择、制备和质量标准等的研究资料。
如为申请人自制,应提交详细的工艺稳定性研究资料;
如为外购,还应提交供应商筛选资料以及供应商提供的原材料质量检定报告。
1.1核酸提取/纯化试剂(如有)的主要组成、原理介绍及相关的验证资料。
1.2引物、探针申请人应详述引物、探针的设计原则,提供引物、探针核酸序列、模板核酸序列及两者的对应情况。
建议设计多套引物探针以供筛选,针对待测位点的特异性等进行评价,选择最佳设计,并提交详细的筛选研究数据。
申请人应针对选定的引物、探针原材料进行质量评价,一般包括:
分子量、纯度(HPLC等)、浓度、探针荧光标记基团的激发波长和发射波长,以及功能性试验等,并依据评价结果建立合理的质量标准。
1.3酶酶包括DNA聚合酶和尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG/UNG)等。
申请人应针对各种酶的活性进行验证,提交功能性试验资料,并确定酶的质量标准。
DNA聚合酶应具有DNA聚合酶活性,无核酸内切酶活性,具热稳定性。
UDG/UNG应具有水解尿嘧啶糖苷键的活性,无核酸外切酶及核酸内切酶活性。
1.4脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)包括dATP、dCTP、dGTP、dTTP或dUTP;
应提交对其纯度、浓度、保存稳定性等的验证资料,以及功能性试验资料,并确定质量标准。
2.
对照品(质控品)试剂盒的质控体系通过设置各种试剂盒对照品(质控品)来实现。
阳性对照应至少包括代表性的突变位点和突变类型。
阴性对照可以是含有野生型序列的核酸溶液。
空白对照为不含核酸的溶液。
如该类产品所采用的方法学和检验原理显示:
无论检测何种样本(野生型、杂合突变和纯合突变),其反应体系均可报出核酸序列结果,均可对管内抑制导致的假阴性结果进行质量控制,则无需另外设置内标;
否则,试剂盒应另外设置内标。
对照品可采用人基因组DNA、细胞系或质粒等。
空白对照应参与样本核酸的平行提取。
申请人应提供对照品原料选择、制备、定值过程等的详细研究数据,并对其检测结果做出明确的范围要求。
3.
企业参考品企业参考品主要包括阳性参考品、阴性参考品、检测限参考品和精密度参考品等。
申请人应提交企业参考品的原料选择、制备方法、基因序列确认及检验标准的详细研究资料等。
3.1阳性参考品:
可采用临床样本或其核酸溶液,如采用临床样本,则样本类型应与待测样本一致。
应至少包含所有检测位点的杂合型样本,同时尽量纳入纯合突变型样本。
对于某些稀有基因型,也可采用细胞系或质粒。
3.2阴性参考品:
应包括野生型临床样本或其核酸溶液,以及易产生交叉反应的同源序列样本,同时应尽量包含检测范围外其他检测位点的样本等。
3.3检测限参考品可选择最低检测限浓度(例如:
95%检出率水平)或接近最低检测限浓度(例如100%检出率水平)的临床样本或其核酸溶液,至少包含所有检测位点的杂合型样本。
3.4精密度参考品应至少包括低浓度杂合突变型临床样本或其核酸溶液,应至少包括代表性的突变位点和突变类型,且在每一反应体系均有分布。
目前,该类产品已有国家参考品,对于申报产品所声称的检测位点,企业参考品的要求应不低于国家参考品。
(三)主要生产工艺及反应体系的研究资料主要生产工艺研究资料包括工作液配制(引物、探针浓度、酶浓度、dNTPs浓度、缓冲液离子浓度等)、分装和冻干(如有)、荧光标记(如有)等工艺过程的描述及确定依据。
生产过程应对关键参数进行有效控制,可采用流程图方式描述生产工艺,标明关键工艺质控步骤,并详细说明该步骤的质控方法及质控标准。
反应体系研究指反应条件的选择确定过程,包括样本采集、预处理(如有)、样本用量、试剂用量、核酸提取纯化步骤、PCR反应条件、阈值循环数(Ct值)等的确定。
不同适用机型的反应条件如有差异应分别提交。
(四)分析性能评估资料申请人应针对下述各项分析性能提交详细的评估资料,包括试验地点、适用仪器、试剂规格、批号、试验方法、试验样本(类型、来源、数量、处理方法、基因型和浓度确认等)、可接受标准、统计方法、试验数据及结论等。
分析性能评估的实验方法可以参考国内外有关体外诊断产品性能评估的指导原则。
每项性能评估应尽量采用与适用样本类型一致的临床样本,对于某些稀有基因型,也可采用细胞系等。
核酸提取/纯化性能(如有)在进行靶核酸检测前,应有适当的核酸提取/纯化步骤。
该步骤应最大量分离和纯化目的核酸并尽可能去除PCR抑制物。
无论检测试剂是否含有核酸提取/纯化组分,申请人都应对配套使用的核酸提取/纯化方法的提取效率和提取核酸纯度、浓度等做充分的验证,并评价该方法能否满足该类产品的要求。
检测准确性建议采用若干份临床样本验证该类产品的检测准确性,样本类型与说明书声称的样本类型一致。
样本应涵盖野生型、所有检测位点的杂合突变型,同时尽量纳入纯合突变型。
最低检测限该类产品的最低检测限可定义为:
在满足一定的检测准确性和精密度的条件下,能够检出目标序列的最低人基因组DNA的浓度。
可采用梯度浓度的人基因组DNA样本进行多次重复检测,确定适当检出率水平(如:
95%)下的最低人基因组DNA浓度。
检测限评价建议采用临床样本或细胞系,并至少包含所有检测位点的杂合突变型。
应明确临床样本或细胞系与人基因组DNA浓度的对应关系。
4.
分析特异性4.1应针对同源序列或检测范围外基因和位点进行交叉反应验证,说明交叉反应样本的制备方法、核酸序列确认方法,提交详细的验证资料。
4.2应针对可能的内源和外源性干扰物进行干扰试验研究。
内源干扰物主要涉及血脂、胆红素、血红蛋白和白蛋白、母体细胞的干扰等,外源干扰物主要包括血液样本采集可能用到的抗凝剂和常用药物等。
干扰试验可通过在临床样本中人工添加干扰物质的方式,评价干扰物质对目标序列检测的影响,也可直接采集暴露于干扰因素后的受试者样本,进行干扰试验评价。
建议申请人在每种干扰物质的潜在最大浓度(“最差条件”)条件下进行评价;
如有干扰,应确定不产生干扰的最高浓度。
5.
精密度精密度评价应采用临床样本进行试验,试验操作完全按照说明书执行,包含核酸提取/纯化等步骤(如有)。
应对每一反应体系进行精密度评价,并至少覆盖代表性的突变位点和突变类型。
精密度评价需满足如下要求:
5.1对可能影响检测精密度的主要因素进行验证,除检测试剂本身外,还包括分析仪器、操作者、地点、时间、检测轮次和试剂批次等。
5.2设定合理的精密度评价周期,对批内/批间、日内/日间以及不同操作者之间的精密度进行综合评价。
如有条件,申请人应选择不同的实验室进行重复实验以对室间重复性进行评价。
5.3用于精密度评价的临床样本至少设置低浓度和中/高浓度水平。
5.4精密度指标可设置为CV等(如有),申请人应对精密度指标评价标准做出合理要求。
(五)阳性判断值确定资料建议纳入一定数量的临床样本,应包括所有检测位点的各种基因型(野生型、杂合突变型,同时尽量纳入纯合突变型),采用受试者工作特征(ROC)曲线或其他合理方法确定阳性判断值。
如试剂判读存在灰区,应解释说明灰区范围的确定方法。
对于某些检测方法学,阳性判断值研究可能不适用,申请人应说明理由。
(六)稳定性研究资料稳定性研究资料主要包括申报产品的稳定性研究和适用样本的稳定性研究两部分。
前者主要包括申报产品的实时稳定性、开瓶/复溶稳定性、运输稳定性及冻融次数限制的研究等;
后者则是指适用样本的保存条件和保存时间等的研究。
实时稳定性研究应采用至少三批样品在实际储存条件下保存至成品有效期后,选取多个时间点进行产品性能评价,从而确定产品保存条件和有效期。
如核酸提取液可保存,还需对核酸提取液的保存条件和保存时间进行研究。
(七)临床试验应满足《体外诊断试剂临床试验技术指导原则》(原国家食品药品监督管理总局通告20__年第16号)的要求,如相关法规、文件有更新,临床试验应符合更新后的要求。
下面仅说明该类产品临床试验中应关注的重点问题。
1.针对“α-和/或β-地贫的辅助诊断(遗传诊断)”预期用途1.1临床试验机构及人员申请人应根据产品特点及预期用途,综合不同地区人种和流行病学背景等因素,选择不少于3家(含3家)符合法规要求的临床试验机构开展临床试验。
1.2临床试验适用人群和临床样本具有地贫症状和/或体征,或血液学表现为小细胞低色素的疑似地贫患者和携带者;
需与地贫进行鉴别诊断的其他疾病患者,如:
缺铁性贫血、铁粒细胞性贫血或先天性红细胞生成异常性贫血等。
临床试验所用样本应为抗凝外周血样本(基因组DNA非临床样本)。
临床样本的采集、处理、保存和提取等应分别满足申报产品说明书、对比试剂说明书(如适用)及第三方试剂说明书(如适用)的相关要求。
1.3临床试验方法1.3.1已有同类产品上市的申报产品对于已批准的α-地贫突变和β-地贫突变,原则上选择已上市同类产品作为对比试剂,评价申报产品的临床检测性能。
1.3.2无同类产品上市的申报产品1.3.2.1如新突变位点的临床意义已获行业认可(如:
国内相关指南或专家共识),且上述认可基于充分的中国人群的临床数据,则临床试验可选择Sanger基因测序(针对新的点突变)或临床普遍使用的其他公认方法(针对其他类型的新突变位点,如缺失)作为对比方法,评价新突变位点的临床检测性能。
除此之外,还应提交新位点临床意义已获行业认可的相关证据,该部分资料可不纳入临床方案和报告。
1.3.2.2如新突变位点的临床意义未获行业认可,则临床试验应包括两个目的,新突变位点的临床检测性能评价和临床意义评价。
新突变位点的临床检测性能评价可参考1.3.2.1;
新突变位点的临床意义评价应提交基于中国人群的充分的临床证据,证明基因型与表型的关系,如:
随访或其他可证明基因型与表型关系的临床验证资料。
1.4最低样本量和阳性例数临床试验样本量应采用适当的统计学方法进行估算,并详细描述所使用统计方法及各参数的确定依据。
1.4.1临床检测性能评价的样本量估算临床检测性能评价的样本量估算可分为以下几种情况。
对于常见突变位点,建议采用单组目标值法分别估算每个突变位点临床试验的最低样本量,通过阳性符合率计算所需阳性样本的例数,通过阴性符合率计算所需阴性样本的例数,同时考虑脱落情况,估算最低样本总量。
阳性符合率和阴性符合率的目标值(临床可接受的最低标准)建议均不低于95%。
对于罕见突变位点,阴性样本的例数可根据上述方法进行估算,阳性样本则应保证一定的例数。
对于极其罕见的、且有确切临床证据证明其临床意义的突变位点,阴性样本的例数可根据上述方法进行估算,阳性样本的例数则应结合临床证据确定。
1.4.2新位点临床意义评价的样本量估算新位点临床意义评价的样本量估算,建议采用抽样调查公式或其他合理方法进行估算。
针对“地贫高风险夫妇的评估”和“胎儿的产前遗传诊断”预期用途针对上述两个预期用途,本指导原则仅对部分内容进行了阐述,申请人应根据产品特性,充分考虑本指导原则未涉及的内容,设计科学合理的临床试验并进行评价。
2.1临床试验机构和人员如申报产品的预期用途为胎儿的产前遗传诊断,除满足法规要求外,临床试验机构还应取得产前诊断技术服务资质。
临床试验人员应为经过专门培训的取得资质的人员。
机构和人员应遵循《产前诊断技术管理办法》《母婴保健专项技术服务许可及人员资格管理办法》,机构应取得《母婴保健技术服务执业许可证》,人员应取得《母婴保健技术考核合格证书》。
2.2临床试验适用人群和临床样本如预期用途为地贫高风险夫妇的评估,则适用人群为:
地贫表型筛查阳性的育龄人群。
地贫表型筛查阳性的育龄人群可根据国家卫生健康委员会和地贫高发地区相关政策确定。
如预期用途为胎儿的产前遗传诊断,则适用人群为:
地贫高风险夫妇的胎儿。
地贫高风险夫妇的确定可参考国家卫生健康委员会等相关文件。
临床试验所用样本应为胎儿羊水等临床样本(基因组DNA非临床样本)。
临床样本的采集、处理、保存和提取等应符合国家卫生健康委员会等相关文件的要求,并满足产品说明书的要求。
2.3最低样本量和阳性例数针对每种不同的预期用途,应分别采用合理方法估算最低样本量。
同一预期用途的不同样本类型(羊水和脐带血等),也应分别采用合理方法估算最低样本量。
如有其他预期用途,也应设计科学的临床试验,提供充分的证据,证明其预期用途。
不同预期用途的通用要求4.1临床试验方法、数据及统计分析4.1.1应在临床试验方案或报告中明确申报产品、对比试剂和第三方试剂的试验方法。
4.1.2临床试验病例总结表应以列表方式表示,包括申报产品的结果、对比试剂的结果、第三方试剂的检测结果(如有)、临床诊断、年龄和性别等。
4.1.3以交叉表分别总结两种试剂的定性检测结果,选择合适的统计方法进行统计分析,以验证两种试剂检测结果的一致性。
4.1.4结果差异样本的验证在数据收集过程中,对于两种试剂检测结果不一致的样本,采用合理方法进行复核,并对差异原因进行分析。
如无需复核,应说明理由。
4.2临床试验方案各临床试验机构的方案设置应基本一致,且保证在整个临床试验过程中遵循预定的方案,不可随意改动。
整个试验过程应在临床试验机构的实验室内并由该实验室的技术人员操作完成,申报单位的技术人员除进行必要的技术指导外,不得随意干涉实验进程。
试验方案应确定严格的入选/排除标准,任何已入选的样本被排除出临床试验都应记录在案并明确说明原因。
在试验操作过程和结果判定时,应采用盲法以保证试验结果的客观性。
各临床试验机构选用的对比试剂/方法应保持一致,以便进行合理的统计学分析。
另外,申报产品的样本类型不应超越对比试剂/方法对样本类型的要求。
4.3临床试验报告应对试验的整体设计及各个关键点给予清晰、完整的阐述,应该对整个临床试验实施过程、结果分析、结论等进行条理分明的描述,并应包括必要的数据和统计分析方法。
(八)产品技术要求产品技术要求应符合《办法》、《44号公告》和《医疗器械产品技术要求编写指导原则》(原国家食品药品监督管理总局通告20__年第9号)的相关要求。
该类产品作为三类体外诊断试剂,应将主要原材料、生产工艺及半成品要求等内容作为附录附于技术要求正文后。
目前,该类产品已有行业标准,产品技术要求的相关要求应不低于行业标准的要求。
(九)产品检验报告根据《办法》的要求,第三类体外诊断试剂申请注册时应提交连续三个生产批次样品的检验报告。
目前,该产品已有国家参考品,产品检验应满足国家参考品的要求。
(十)产品说明书产品说明书应满足《体外诊断试剂说明书编写指导原则》(原国家食品药品监督管理总局通告20__年第17号)的要求,产品说明书的所有内容均应与申请人提交的注册申报资料的相关研究结果保持一致。
下面对该类产品说明书的重点内容进行阐述。
1.【预期用途】应至少包括以下几部分内容:
1.1本产品用于定性检测人__样本基因组DNA中的α-和/或β-地贫__突变,用于:
α-和/或β-地贫的辅助诊断(遗传诊断),地贫高风
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